21世紀初，人類將多數人留在被哥斯拉蹂躪的地球上，僅使被選中的人們乘上恒星間移民船·阿拉特拉姆，前往能夠移居的“約定之地·τ星e”。但這一計劃失敗，人類只得再度返回地球。而長距離亞空間航行所引發的時空歪曲，導致人類回到的地方變成了“兩萬年后的地球”。在這個地球，主人公·晴男等人在遭受哥斯拉襲擊的同時，與埃克西弗、比爾沙爾德兩種族的異星人共同實行謀劃了20年的“對哥斯拉戰術”，通過殊死戰斗成功擊...

晴朗時節，江戶川柯南（高山南 配音）和毛利小五郎（小山力也 配音）、小蘭（山崎和佳奈 配音）以及少年偵探團的伙伴們一同來到京都，他們即將登上自衛隊的宙斯盾戰艦，體驗一把出海作戰的感覺，期間還結識了美麗又有著幾分神秘的女自衛隊員藤井七海（柴咲幸 配音）。誰知快樂的氛圍很快被恐慌所替代，戰艦上突然發現一條斷掉的手臂，消失的自衛隊員又引起軍方的恐慌與猜測。原來某國神秘間諜X已悄悄登上宙斯盾，伺機盜取戰艦...

秉承世代單傳鐵規的北斗之拳，迎來1800年來最鼎盛的時刻。在琉泉的四名養子中，拉奧和托奇是公認的繼承人人選。然托奇此時已身染重病，崇尚暴力的拉奧又與北斗之拳的宗旨相悖，琉泉最終選擇健四郎為北斗之拳的繼承人。正值此時，愚蠢的統治者按下了毀滅世界的核武器按鈕，在接踵而至的爆炸中，托奇和健四郎等人失散。多年后，托奇的健康不斷惡化，他逐漸走到生命的盡頭。然而，他和拉奧之間仍有未完成的約定，這也正是他們兄弟...

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